HPC Python

HPCを利用するため、急いで環境を設定する。

$ which git
/usr/bin/git

$ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv

OK.

$ tail .bash_profile

# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
	. ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

PATH=$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin

export PATH

# [2021/06/17]
export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
eval "$(pyenv init --path)"

$ source ~/.bash_profile

No error messages.

$ pyenv install anaconda3-5.2.0 
$ pyenv rehash
$ pyenv global anaconda3-5.2.0
$ echo 'alias activate="source $PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.2.0/bin/activate"' >> ~/.bash_profile


$ source ~/.bash_profile
# ここまではOK

$ conda update conda
# これが全然うまくいかない。
conda create Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

File "/home/[user_01]/.pyenv/versions/anaconda3-5.2.0/lib/python3.7/ssl.py", line 807, in _create
        raise ValueError("check_hostname requires server_hostname")
    ValueError: check_hostname requires server_hostname

のようなエラーが出るので、SSLに関することだとあたりがつく。
マシンのセキュリティが厳しいため？

そこでいろいろ調べるうちに、以下のやり方でうまくいった。
https://stackoverflow.com/questions/66642705/why-requests-raise-this-exception-check-hostname-requires-server-hostname
https://askubuntu.com/questions/831266/find-proxy-server-using-command-line

まず、

$ echo "$https_proxy"
https://AAA.BB.CC.DD:EEEE

であることから、

$ more ~/.condarc
proxy_servers: {https: AAA.BB.CC.DD:EEEE}
のように設定する。

一旦ログアウトして、再度ログインする。そしてすぐに

$ conda create -n py37_hvs python=3.7 anaconda 

を実行する。

Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate py37_hvs
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

$ source activate py37_hvs

(py37_hvs)$ python
Python 3.7.10 (default, Feb 26 2021, 18:47:35) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
>>> import numpy
>>>

これでOK

gala

$ conda install -c conda-forge gala

だと、openblas.so.0がないと言われてインストール後にロードできない。

$ python -m pip install gala

などのやり方だと、SSLのエラーでインストールできず。

WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError(SSLError(1, '[SSL: WRONG_VERSION_NUMBER] wrong version number (_ssl.c:1091)'))': /simple/gala/
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/gala/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/gala/ (Caused by SSLError(SSLError(1, '[SSL: WRONG_VERSION_NUMBER] wrong version number (_ssl.c:1091)'))) - skipping
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement gala
ERROR: No matching distribution found for gala

conda install -y -c conda-forge astro-gala
conda install -y -c conda-forge openblas==0.3.3
python -c "import gala"

これで解決した。

mwdust

いつもどおり。