個人メモ：Miniconda パッケージ

必要なPython環境を作るにあたり、Apple M1 chip での試行錯誤を備忘録としてまとめておく。

今回はメインのモジュールの依存関係のために最新の　Anaconda が使えなかったため、　環境を　miniconda から作ることにした。

参考
https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#cloning-an-environment

$ conda create -n myenv python=3.8

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base
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Miniconda Python 3.8

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agama_202206
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(base) $ conda create --name agama_202206 python=3.8
(base) $ conda activate agama_202206
(agama_202206) $ conda install -c conda-forge numpy
agama install

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gaia_dr3-env
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conda create --name gaia_dr3-env --clone agama_202206


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gaia_dr3_try1-env
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$ conda create --name gaia_dr3_try1-env --clone agama_202206
$ conda activate gaia_dr3_try1-env
$ conda install -c conda-forge ***

*** のリスト（上から順番に入れた）
scipy
matplotlib
jupyter
astropy
astroquery
corner
mpi4py
schwimmbad
pandas # already installed
wget
cython
scikit-learn
seaborn
pytest

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gaia_dr3_try2-env
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$ conda create --name gaia_dr3_try2-env --clone gaia_dr3_try1-env
$ conda activate gaia_dr3_try2-env

(gaia_dr3_try2-env)$ pip install cubature # これはうまく入らなかったので、pip で入れた。

mwdust

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gaia_dr3_try3-env
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$ conda create --name gaia_dr3_try3-env --clone gaia_dr3_try2-env
$ conda activate gaia_dr3_try3-env

(1) healpy
(gaia_dr3_try3-env)$ conda install -c conda-forge healpy

(2) mwdust
.bash_profile で
export DUST_DIR=$HOME/my_libs_3/mwdust_DATA_directory
としてから

$ sudo -E python setup.py build
$ sudo -E python setup.py install

### sudo env PATH="$PATH" python setup.py build
### sudo -E env PATH="$PATH" python setup.py install


(3) gaiadr3_zeropoint
gaiadr3_zeropoint  ダウンロードしてmy_libs_3 に展開し、
$ cd gaiadr3_zeropoint
$ python setup.py install

# sudo -E env PATH="$PATH" python setup.py install

(4) Agama

$ sudo -E env PATH="$PATH"  python setup.py install

...
>>> import agama
>>> agama.setUnits(mass=1,velocity=1,length=1)

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gaia_dr3_try4-env
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$ conda create --name gaia_dr3_try4-env --clone gaia_dr3_try3-env

(1) gdr3apcal

(2) fastkde

$ pip install fastkde
(GitHub はversionに関して文句を言われるので諦めてpipにする。)

>>> from fastkde import fastKDE
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/[user_name]/miniconda3/envs/gaia_dr3_try4-env/lib/python3.8/site-packages/fastkde-1.0.19-py3.8-macosx-11.1-arm64.egg/fastkde/__init__.py", line 1, in <module>
    from .version import version as __version__

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gaia_dr3_try5-ispec-env
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$ conda create --name gaia_dr3_try5-ispec-env --clone gaia_dr3_try5-env

(1)
(2) ispec

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gaia_dr3_try5-quantile_forest-env
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conda create --name gaia_dr3_try5-quantile_forest-env --clone gaia_dr3_try5-env

pip install quantile-forest
conda update astropy

(astropy が古いと、numpy<1.23 でのみ使えるnumpy.asscalar がエラーを吐く。)

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gaia_dr3_try5-naif-env
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conda create --name gaia_dr3_try5-naif-env --clone gaia_dr3_try5-env

conda update astropy
pip install naif