[python]Cythonでnumpy使おうとする時のメモ

はじめに

今回やりたいことは、
ctypedef numpy.float64_t DOUBLE_t
と定義したい。
これをやるためには、
cimport numpyをやる必要がある。
この二つのctypedefとcimportをやりたいということです。

※英語が読めない自分が英語のdocument見ながらやったので間違ってる場合があります。途中のエラーとか見たくない人は最後だけみてください。

環境はこんな感じです。
OS X, Yosemite
Cython 0.23.4
Python 3.4.3

cythonコンパイル時に次のようなエラーが発生。

Cython 0.23.2 documentation: Building Cython codeのページを参考にし、下記の二つのスクリプトを作成してみる。

test.pyx

import numpy
cimport numpy
ctypedef numpy.float64_t DOUBLE_t

setup.py

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(
    name = 'test',
    ext_modules = cythonize('test.pyx')
    )

これを使って、python setup.py build_ext --inplaceを行うと、下記のようなエラーが発生。

error.

sample.c:250:10: fatal error: 'numpy/arrayobject.h' file not found
#include "numpy/arrayobject.h"
         ^
1 error generated.
error: command 'clang' failed with exit status 1

ファイルが見当たらないってエラーが出ました。
パスが違うようですね、ってことでもう少し先ほどのサイトを見てみると、
こんなものが、Cython 0.23.2 documentation: Compilation

Often, Python packages that offer a C-level API provide a way to find the necessary include files, e.g. for NumPy:

include_path = [numpy.get_include()]

よくあることっぽかったですね。
とりあえず、これをsetup.pyに入れてみます。

setup.py

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    name = 'test',
    ext_modules = cythonize('test.pyx')
    include_path = [numpy.get_include()]
    )

これ使ってみるとなんかまたエラー出る

error.

Unknown distribution option: 'include_path'

なんぞこれ、こんなオプションないって言われた。
stackoverflowとか色々見てみると、みんなinclude_pathなんか使ってなくて、include_dirsを使ってるっぽい。
とりあえずs/include_path/include_dirsしてみる。

setup.py

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    name = 'test',
    ext_modules = cythonize('test.pyx')
    include_dirs = [numpy.get_include()]
    )

実行してみると、通った(o・ω・o)
なんかわからんけどできたっぽい。

まとめ

include_dirs = [numpy.get_include()]使うといいっぽい。
新しいものだと日本語で書かれているものが少ないので、英語がわからないと辛いものがある。
今回一応はコンパイル通ったが、unused functionのwarningがいっぱい出てたのでなんか直さないといけないかも？(unused functionだから放置しても良いかも)