ASCIIMathは、非常に短い文字数で数式を表現できる記法です。
Markdownのコンセプトと相性が良いと思うのですが、atomでASCIIMathを使えることを謳っているプラグインを見つけられませんでした。
atomのプラグインであるMPEは、数式のレンダリングでMathjaxを選べます。
MathjaxはASCIIMathに対応していますが、MPEでは有効化されていないようです。
おそらく以下の理由で意図的に有効化していないのだと思います。

ASCIIMathのデリミタ ` が、インラインコードのデリミタとかぶる。
MPEのデフォルトの数式レンダラKaTeXは、ASCIIMathに対応していない。

つまり以下で説明する方法でASCIIMathを有効化すると、その文章では`はインラインコード用としては使えなくなります。

Windows10でのみ確認済ですが、おそらく他のOSでも同じでしょう。

atomおよびMPEのインストールについてはここで説明を省略する。
%USERPROFILE%\.mume\mathjax_config.jsを編集
1. extentionsリストの先頭に'asciimath2jax.js'を追加する。
2. jaxリストの先頭に、'input/AsciiMath'を追加する。

記述例:

module.exports = {
  extensions: ['asciimath2jax.js','tex2jax.js'],
  jax: ['input/AsciiMath','input/TeX','output/HTML-CSS'],
  messageStyle: 'none',
  tex2jax: {
    processEnvironments: false,
    processEscapes: true
  },
  TeX: {
    extensions: ['AMSmath.js', 'AMSsymbols.js', 'noErrors.js', 'noUndefined.js']
  },
  'HTML-CSS': { availableFonts: ['TeX'] }
}

atomのFileメニューのSetting→Packagesからmarkdown-preview-enhanced→Settingをクリック。
1. Math Rendering Optionを"KaTeX"から"MathJax"に変更する。
2. Inline Indicatorリストの先頭に、["`", "`"]を追加する。