最近IPv6/IPv4混在環境で問題が起きている気がしてならない件

最近起こる問題

ある特定のホストへのアクセス（ブラウザーから普通にウェブブラウジングするようなケースです）することができるのに、ある別の特定のホストはDNSが参照できずにホストが見つからないというようなことが起こっています。どうもIPv6とIPv4に関係している気がしてならないので、まずはIPv6ホストとして登録されているホストなのか確認する方法から紹介します。

IPv6アドレスをnslookupで調べるには

C:\>nslookup
DNS request timed out.
    timeout was 2 seconds.
既定のサーバー:  UnKnown
Address:  xxxx:xxx:xxxx:x::x
> set type=AAAA
> www.ibm.com
サーバー:  UnKnown
Address:  xxxx:xxx:xxxx:x::x

権限のない回答:
名前:    e7817.dscx.akamaiedge.net
Addresses:  2600:140b:d400:199::1e89
          2600:140b:d400:1a9::1e89
Aliases:  www.ibm.com
          www.ibm.com.cs186.net
          outer-global-dual.ibmcom-tls12.edgekey.net

のようにIPv6の結果を返すものもあれば下記のように返ってこないものもある。

C:\>nslookup
DNS request timed out.
    timeout was 2 seconds.
既定のサーバー:  UnKnown
Address:  xxxx:xxx:xxxx:x::x

> set type=AAAA
> yahoo.co.jp
サーバー:  UnKnown
Address:  xxxx:xxx:xxxx:x::x

名前:    yahoo.co.jp

これはIPv6アドレスが登録されているか否かによるので、IPv6でしか通信できない環境の場合、IPv4アドレスしか持たないホストへはアクセスできない。Windowsのバグ？なのかあるいはルーターでのトラブルなのかまだトラブルシューティングできていないのですが、IPv6のDNS情報は正しく保持されているのに、IPv4のDNS情報が欠落したりとか、VPNのせい？なのかWIFIをコネクションし直してDNS情報をRELOADすると正常になったりとか色々しています・・・。
ISPの回線をIPv6に切り替えてから起こるようになった気がするので、どこかに何か問題を抱えているのかもしれません。