質問
関連するレコードがフローで作成された後、ジャンクションオブジェクトレコードを作成しようとしています。
ジャンクションオブジェクトの参照フィールドを新しく作成されたレコード要素に割り当てましたが（下の画像を参照）、フローがこのエラーを生成しています：このエラーは、フローがレコードを作成しようとしたときに発生しました
This error occurred when the flow tried to create records: MALFORMED_ID: Membership: id value of incorrect type: true.
このエラーは、フローがレコードを作成しようとしたときに発生しました。MALFORMED_ID：メンバーシップ：不正なタイプのID値：true。
回答
CreateRecord要素からIDを取得するGetRecords要素を作成できます。基本的に、次のように言って、作成する必要のある変数にIDを格納します。
Assigning a lookup field in a flow to a record created within a flow.
考察
要は参照フィールドにIdでない値をセットしているということかな？
この回答の方がすっきりくる。
どこかのルックアップフィールドにテキスト値を割り当てているようです。
（AutoNumber値が数式のルックアップフィールドに割り当てられている可能性があります）
代わりに、レコードIDをルックアップフィールドに割り当ててください。
It seems you are asigning text value to Lookup field somewhere.
(May be AutoNumber value is assigned to Lookup field in formula)
Please assign record ID to lookup field instead.