デスクトップ版の廃止
英語ですが、以下に解説があります。使っているPCがMacだとiOS版のアプリをインストールして、既存のアカウントをすべて同期することで以前と同じように使えるみたいですね。
それ以外のOSではモバイル デバイスで同社の iOSまたは Androidアプリの使用に切り替えることです。この利点は、それほど手間をかけずに切り替えられることです。欠点は、コンピュータ上の 2FA コードに直接アクセスできなくなることです。
と書かれているので、モバイル版を使う必要がありそうですね。
マルチデバイスで設定できるみたいなので、その機能を使うという事かな。
https://support.authy.com/hc/en-us/articles/360016317013-Enable-or-Disable-Authy-Multi-Device
「Authyなどの時間ベースのワンタイムパスワード認証」を一括でチェック済みにする設定を管理者側で行えるか？
Authy利用時には、記載いただいた設定に加えて、 「アプリケーション登録: ワンタイムパスワード認証」をチェック済みにする必要があり、こちらも一括で設定できればと思ったのですが、ユーザにお願いするしかなさそうですね。。