元の質問
以下のようなコードで可能かと思う。
trigger createContentDocumentLink on ContentDocument (After insert,after update ,after delete) {
    
    Set<Id> ContentDocumentIdSet = new Set<Id>();  
    if (Trigger.isInsert || Trigger.isUpdate) {
        for (ContentDocument cd : Trigger.new){
            ContentDocumentIdSet.Add(cd.Id);
        }
    }
    
    //if (Trigger.isDelete || Trigger.isUpdate) {
    //    for (ContentDocument cd : Trigger.old){
    //        ContentDocumentIdSet.Add(cd.Id);
    //    }
    //}
    
    List<ContentDocumentLink> cdlList = [SELECT Id,ContentDocumentId,LinkedEntityId FROM ContentDocumentLink WHERE ContentDocumentId =: ContentDocumentIdSet];
    
    List<ContentWorkspaceDoc> insert_cwkList = new List<ContentWorkspaceDoc>();
    for (ContentDocumentLink cdl : cdlList){
        String LinkedEntityId = cdl.LinkedEntityId;
        if (LinkedEntityId.left(3) == '006'){
            //ここで　ContentWorkspaceDocを割り振るロジックが必要です。
            ContentWorkspaceDoc cwk = new ContentWorkspaceDoc();
            cwk.ContentDocumentId = cdl.ContentDocumentId;
            cwk.ContentWorkspaceId = 'x123456789012345678';//最終的にIdをセットできればいいと思います。
            insert_cwkList.add(cwk);
        }
    }
    if (insert_cwkList.size() > 0) insert insert_cwkList;

}