フロー内でユーザーレコードが自動作成されると、登録したメールアドレスに

最初のログインメール「Salesforce へようこそ: アカウントを確認してください」* を送信したいのですが、メールが正しく動作しません。

このメールは、システム管理者が手動で新規ユーザーを追加した際に送信されます。

SFさんの中の人からウエルカムメールはトリガーできなくて答えがありますね。
回避策としてはパスワードのリセットメール程度ですが、避けたいと質問者が答えています。

フロー内のメールを別途送信するしかないですが、同じものは無理です。

このスレッドによれば、新しいユーザーの電子メールを宣言的にトリガーする方法はありません。コードを使用してパスワードをリセットすることはできますが、最初の新規ユーザーの電子メールをトリガーすることはできないと思います。

回避策になるかもしれない回答があります。

この場合はデータローダーでユーザーを一括登録した後ですが、フローでも同じだと思います。
Apexを使って共通のパスワードを設定してウエルカムメールと同じようなメールということみたいです。

パスワードを（共通のパスワードに）設定します。共通パスワードを設定するには、Apex の知識が少し必要になります。これを参照してください: https://success.salesforce.com/answers?id=90630000000gn9YAAQ

ユーザー認証情報に関するガイダンスと、含めたいカスタムメッセージを含むカスタムのウェルカムメールを送信します。
https://trailhead.salesforce.com/trailblazer-community/feed/0D54S00000A99eNSAR