以下に興味深い質問がありました。
isClone() in Apex not working as expected
調べてみると
The isClone() method will only return true for SObject that are clones in memory.
どうも、isClone()はメモリー上だけの動作のようです。
よって、データベースに保存されたものを呼び出しても機能しません。
あんまり深く考えたことなかったです。
フローから使う場合
ApexのgetCloneSourceId()を使えばクローン元のIDは取得できると思います。
アイデアを読むと ISCLONEはフローでも使えるようになったようですが、getCloneSourceId()と同じ機能はフローでは実装される予定はないみたいです。
これから考えるとgetCloneSourceId()を使ったApexのコードをフローから呼び出せるようにすれば可能だと思います。
https://ideas.salesforce.com/s/idea/a0B8W00000H4CrEUAV/flow-isclone-and-getclonesourceid-functions