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hg19での遺伝子配列情報をNCBIから取得する

Last updated at Posted at 2019-12-15

研究をしているとhg19(human geneme version19)での遺伝子情報が要求される場合があります。hg19と最新版のhg38は配列情報はそう変わらないのでそのまま最新版の配列情報を入力してもよいですが、hg19でとられたエピゲノム情報等と比較する場合はやはり必要になってきます。

hg19の全ゲノム情報がほしい場合はUCSCのページから取得可能です。

今回は単純に特定の遺伝子のhg19配列情報だけを取得したいという場合でのやり方を紹介します。
以下のビデオをご参照ください。

Screen Shot 2019-12-15 at 19.52.44.png

ビデオ1分の時点で"~GRCh37.p13 Primary Assembly"を選択していますが、この部分でGRCh37.p13 Primary Assembly(≅hg19)のゲノムを指定したことになります。
そのあとは[Send to]からGenBankファイルをダウンロードして、SnapGene(無料版)といったビューアーソフトで確認すればよいです。

以上です。ありがとうございました。

補足:
GRCh37.p13 Primary Assemblyとhg19はほぼ同じですが違いも多少あります。
両者の若干の違いについては[NGS Surfer's Wiki様の記事](https://cell-innovation.nig.ac.jp/surfers/GRCh37_Hg19_defference.html NGS Surfer's Wiki)をご覧ください。
ミトコンドリアの配列以外は配列座標のずれもないようなので、常染色体・性染色体を参照する限りは大丈夫そうです。

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