まずはパッケージを読み込みます。

\documentclass{jarticle}
\usepackage[all]{xy}
\begin{document}

基本的な行列表示から見ていきましょう

$$
\xymatrix{
A & B \\
C & D \\
}
$$

矢印を伸ばしてみます

$$
\xymatrix{
A \ar[r] & B \\
C & D \\
}
$$

左に

$$
\xymatrix{
A  & B\ar[l] \\
C & D \\
}
$$

下に

$$
\xymatrix{
A\ar[d]   & B\\
C & D \\
}
$$

曲げてみます

$$
\xymatrix{
A\ar@(ur,ul)[r]   & B\\
C & D \\
}
$$

文字を載せてみます

$$
\xymatrix{
A \ar[r]^f & B \\
C & D \\
}
$$

曲げて文字を載せてみます

$$
\xymatrix{
A\ar@(ur,ul)[r]^f   & B\\
C & D \\
}
$$

可換図を描いてみます

$$
\xymatrix{
A \ar[r]^f \ar[d]^g & B \ar[d]^k \\
C \ar[r]^l & D \\
}
$$

ツールを作ってみました。

複雑な図式だと表示が崩れてきて記述が大変になるようです。
簡単なMac用のツールを作ってみました。

previewを押すと右側にテキストが吐き出されます。
LatexItと組み合わせれば少し楽になるのではと思います。
機能を足していきたいです。

参考