この記事は学生団体P&DのAdventCalendar2017 14日目の投稿です。
準備不足のため予定を変更して、自分の研究に関連することを書きます。
はじめに
blastのインストールについて書かれている記事はあるのですが、内容がばらばらで分かりづらかったので簡単にまとめてみました。
BLAST
blastとはバイオインフォマティクスでDNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うためのプログラムです。
現在、blast と blast+ の 2 種類のプログラムがあり、blast は古いバージョンで、現在は速くて正確な blast+ を利用することが推奨されています。
blastのインストール
1. インストーラのダウンロード
以下のページから、ncbi-blast-####+.dmgファイルをダウンロードします。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/
2. インストーラからblastをインストール
ダウンロードした .dmgファイルを開き、ncbi-blast-####+.pkgを開きます。
すると、おそらくこのようにセキュリティに引っかかって開くことができないので、
システム環境設定 -> セキュリティとプライバシー から「このまま開く」をクリックします。
すると、インストーラが開くので流れに沿ってインストールします。
3. パスを通す
インストールが終わったらターミナルで以下のコマンドをうち、パスを通します。
ln -s /usr/local/ncbi/blast/bin/* /usr/local/bin
注意：/usr/local/bin が無いことがあるのでそのときは作ってください。
4. インストール確認
最後に以下のコマンドをうちます。
blastn -version
以下のようにblastnのバージョンが表示されれば無事にインストール完了です。
blastn: 2.7.1+
Package: blast 2.7.1, build Oct 18 2017 20:40:57