[jismesh-raster]地域メッシュデータをかんたんに可視化しよう

TL;DR

• 地域メッシュデータのCSVからかんたんに位置情報つきTIFを作れるツールをつくったよ
• pip install jismesh-rasterでインストールできるよ

サンプル

• CSVは全国の人流オープンデータのデータ（2019年1月休日昼間）を全国分結合して作成した（234571レコード）
  • https://github.com/Kanahiro/mesh1km-pop/blob/master/csv2geojson.py これを使って得られるmesh_population_dfをCSVで書き出し
• QGISで等量10区分により色分け
• 背景はOSM（©️OpenStreetMap Contributors）
• ファイルサイズ25.6MB, 解像度2485x2578
• 処理時間は30秒程度だった（MBP16inch 2019）

はじめに

• 標準地域メッシュは、経緯度を一定のルールで均等に分割して得られるメッシュです
• メッシュの形状自体に意味はなく、紐付けられる集計値が重要なので、ベクターデータよりラスターデータが適している（わざわざベクターデータにして頂点の座標を保持する必要はないということです）
• 本スクリプトでは、1 つメッシュに 1 ピクセルを割り当て、同時に適切な位置情報を付与したワールドファイルを出力します

対応メッシュ

標準地域メッシュおよび分割地域メッシュに対応しています

標準地域メッシュ

メッシュ番号	詳細	メッシュコード
1	80km メッシュ	4 桁
2	10km メッシュ	6 桁
3	1km メッシュ	8 桁

分割地域メッシュ

3 次メッシュを基準し、任意の回数 4 分割して得られるメッシュ

メッシュ番号	詳細	メッシュコード
4	500m メッシュ	9 桁
5	250m メッシュ	10 桁
6	125m メッシュ	11 桁

インストール

pip install jismesh-raster

使い方

コマンド

必須項目:
  csvfile 読み込むCSVファイル
  output  データの保存先絶対パス

optional arguments:
  --meshcol  メッシュコードのカラムを0から始まる番号、デフォルトは0
  --valuecol 値のカラムを0から始まる番号、デフォルトは1
  --method 集計方法、mean, median, min, max, stddev, sum
  --nodata   データがないメッシュにセットする値、デフォルトは-9999.0
  --noheader CSVにヘッダーが無い場合に入力

具体例

以下の形式の CSV を例とする（出典：全国の人流オープンデータ）

mesh1kmid,prefcode,citycode,year,month,dayflag,timezone,population
53394519,13,13101,2019,01,0,0,13533
53394519,13,13101,2019,01,0,1,5818
53394519,13,13101,2019,01,2,2,26039
53394528,13,13101,2019,01,0,0,27561
53394528,13,13101,2019,01,1,2,57219
53394528,13,13101,2019,01,2,0,73526

• 上記 CSV はmeshdata.csv、出力する TIF ファイルをmesh.tifとする
• メッシュコードのカラムは左端から数えて 1 列目のmesh1kmid、メッシュ画像にしたい値は 8 列目のpopulationである
• このスクリプトでは 0 をスタートとして数えるので、0列目、7列目と読み替える
• もし複数行にわたって同一のメッシュコードが存在する場合は、その合計値を求める
• データが存在しない部分の値は-999999.0とする

jismesh-raster meshdata.csv mesh.tif --meshcol 0 --valuecol 7 --method sum --nodata -999999.0

• meshcolのデフォルト値は0なので、今回の場合省略出来る
• nodataのデフォルト値は-9999.0なので、それでもよければ省略出来る

jismesh-raster meshdata.csv mesh.tif --valuecol 7 --method sum

• CSV の複数行にわたって同一のメッシュコードが存在する場合に methodを指定されていないとエラーとなる

以下のような CSV の場合

53394519,13533
53394519,5818
53394519,26039
53394528,27561
53394528,57219
53394528,73526

• ヘッダー行が無い場合はnoheaderオプションを指定する
• valuecolのデフォルト値は1なので、上記の場合省略出来る

jismesh-raster meshdata.csv mesh.tif --method mean --noheader

出力データと仕様

• .tif ファイル
  • 拡張子は必ずしも.tifではなく、コマンド引数で指定したファイル名となる
  • Float32
  • Single band
  • GeoTiff ではないことに留意（ヘッダーは書き込まれていない）
  • CSV に存在するメッシュが全て含まれる最小の解像度となる
• .tfw ファイル
  • .tif ファイルと同名で書き出される
  • 経緯度で設定されている（つまり CRS はEPSG:4326）