【初心者向け】fastq-dlでFASTQをダウンロード

[備忘録]fastq-dlを使ってNCBIからメガデータをダウンロードする

はじめに&今回の概要

こんにちは。
オミクス解析を使って軟体動物の研究をしている某大学院生です。
今回はNCBIのSRAからメタデータ (e.g. トランスクリプトーム) をダウンロードする方法を書き残します。＊主に自分用のメモです

手順

1. fastq-dlの入手
2. データダウンロード
3. 複数データを一括ダウンロード

用語

fastq-dlとは??
https://github.com/rpetit3/fastq-dl

1. fastq-dlの入手

condaを使ってインストールする。
minicondaもしくはanacondaをインストール後、下記のコマンドを実行
＊各サイト参照

conda create -n fastq-dl -c conda-forge -c bioconda fastq-dl
conda activate fastq-dl 

2. データダウンロード

cd "xxx/yyy/path" #ダウンロード場所をpathしておく
fastq-dl --accession SRRxxxxx

2. 複数データを一括ダウンロード

以下の　"Download_List.txt"　と　"SRA_download.sh"　を作成し、ターミナルで　"まとめてダウンロード"　を実行する。

Download_List.txt_ダウンロードするSRR番号をまとめてtextに保存

SRR00000
SRR00001
SRR00002
SRR00003
SRR00004

SRA_download.sh

cat Download_List.txt | 
while read SRR_ID
do
	cmd='fastq-dl --accession  ${SRR_ID}';
	eval ${cmd}
done

まとめてダウンロード

cd "xxx/yyy/path" #ダウンロード場所をpathしておく
sh SRA_download.sh