前提：そもそもSlackとGitHubの連携とは
下記記事が最高です。
私は複数のrepoで設定を行ったことがあり、今回は数ヶ月ぶりに新しいrepoにも連携設定を行うことになりました。
（つまり、Slack側にGitHubのSlack Appはインストール済み、権限設定も完了済みとします。）
いきなりフィルターを設定すると通知がこない
「PRの通知だけ配信されれば十分だ」と思い、Slackのチャンネル上で以下のコマンドを実行しました。
# 新たにowner-hoge管理下のrepo-fugaのrepoをSlack連携し、PRのみ配信する（うまくいかない）
/github subscribe owner-hoge/repo-fuga pulls
成功の通知が来たので、無事設定できてそうです。
しかし、PRを作ってもなぜか通知が来ないのです...
まずはフィルターなしでsubscribeを行い、その後フィルター設定を行うと成功した
以下のように実行するとうまく行きました。
まず、unsubscribeを実行しました。
# ひとまずsubscribeを解除して最初からやり直す
/github unsubscribe owner-hoge/repo-fuga
続いて、今度はフィルターなしでrepoごとsubscribeしました。
# フィルターを設定せずにrepoごとsubscribeする
/github subscribe owner-hoge/repo-fuga
最後にフィルター設定を行いました。
# pulls以外をunsubscribbeする
/github subscribe owner-hoge/repo-fuga pulls
まとめ
ドキュメントを熟読してないので、なんとも言えないのですが...
「最初のコマンドを実行した時成功しているっぽいメッセージが表示されること」が全ての沼の原因の気がしています。
そもそも私の設定がおかしい可能性もあるので、その際は追記しようと思います。