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コロナウィルスの感染率の推移

初めに

私は感染症の専門家ではありませんので、理解した上で読んでください。

コロナウィルスの感染者数が毎日増加しています。
厚生労働省のページには、使いやすいオープンデータがありませんが、オープンデータポータルサイトでデータを公開している県があります。PCR検査数と感染者数のデータがあるので、感染者数の推移を見てみました。

 1週間後のデータでグラフを更新しましたが、先週より感染率が低下していることが読み取れます。

  • 更新履歴
     2020/4/19 : 初回投稿
     2020/4/27 : 2020/4/26のデータでグラフを更新

  • データ
    日本全体のPCR検査人数と感染者数のデータは、厚生労働省がWEBで公開されているのですが、WEBでの表示で使いやすいCSV形式などの数値データになっていません。
    一方、各県ごとのデータはCSV形式で公開されている県があります。
      埼玉県:https://saitama.stopcovid19.jp/

埼玉県のデータが使いやすいので、埼玉県のPCR検査数と感染者数から、感染率の推移を調べました。ただし埼玉県のデータは検査人数ではなく、検査数(延べ人数)と書かれているので、
  感染率=感染者数/検査数(延べ人数)
を計算しています。

県ごとのデータフォーマットが統一されていたら、他の県もすぐに調べられるのですが、残念ながら統一されていませんでした。

感染率の推移

  • パッケージ読み込み
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
  • データ読み込み
data = pd.read_csv('data/saitama_kensa_20200418.csv')
data.columns = ['day', 'PCR', 'Confirmed']
print(data.head())
print(data.tail())

PCR検査数のデータは、2020/1/31から2020/4/18のデータです。

         day  PCR  Confirmed
0  2020/1/31    1          0
1   2020/2/1    1          0
2   2020/2/2    0          0
3   2020/2/3    0          0
4   2020/2/4    1          0
          day  PCR  Confirmed
74  2020/4/14   37          7
75  2020/4/15  110         28
76  2020/4/16  147         21
77  2020/4/17   70          9
78  2020/4/18  100         21
  • PCR検査数と感染者数の表示
plt.plot(data.loc[:,'PCR'])
plt.plot(data.loc[:,'Confirmed'])
plt.xlabel('day')
plt.ylabel('Number')
plt.legend()
plt.savefig('fig1.png')

2020/4/19投稿
fig1.png
2020/4/27投稿
saitama_kensa_fig1_20200426.png

  • 感染率の推移

日々の感染率は大きく変動しているので、7日間の移動平均も表示します。
移動平均は最初の50日間は10%以下でしたが、その後上昇し20%前後になっています。

rate = data.loc[:,'Confirmed']/data.loc[:,'PCR'].fillna(0.0)
rate_ma = rate.rolling(7).mean().fillna(0)
plt.plot(rate * 100, label='rate', linewidth=1)
plt.plot(rate_ma * 100, label='rate_ma', linewidth=3)
plt.ylim(0.0, 30.0)
plt.xlabel('day')
plt.ylabel('Rate(%)')
plt.legend()
plt.savefig('fig2.png')

2020/4/19投稿
fig2.png
2020/4/27投稿
saitama_kensa_fig2_20200426.png
2020/4/19のデータでは感染率の移動平均が20%前後ありました。
しかし、2020/4/26のデータでは10%前後に低下してきています。

外出自粛により、感染者数が減ることを期待しています。

KEN_KEN2
IT企業に勤めているサラリーマン
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