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コード例

public ActionResult ExcelExp()
{
    ExcelExporter excelExporter = new ExcelExporter();

    // エクスポート処理
    using (var stream = new MemoryStream())
    {//※ストリームが自動的に閉じられ、リソースが解放されるため、手動で Close や Dispose を呼び出す必要はなし
  
        // テンプレートに基づいてエクスポート内容を作成
        string templatePath = Server.MapPath(ConfigurationManager.AppSettings["ExpTemp"]);
        excelExporter.ExportToStream(stream, templatePath);

        // MemoryStreamをバイト配列に変換  
        byte[] fileBytes = stream.ToArray();

        // ダウンロード用にファイルを返す
        return File(fileBytes, "application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet", "exportedFile.xlsx");    
    }
}

public class ExcelExporter
{
    public void ExportToStream(MemoryStream stream, string templatePath)
    {
        // テンプレートファイルを読み込む
        using (var fileStream = new FileStream(templatePath, FileMode.Open, FileAccess.Read))
        {
            IWorkbook workbook = new XSSFWorkbook(fileStream);
            ISheet sheet = workbook.GetSheetAt(0);

            // セルにデータを挿入
            IRow row = sheet.GetRow(1) ?? sheet.CreateRow(1);
            ICell cell = row.GetCell(1) ?? row.CreateCell(1);
            cell.SetCellValue("Sample Data");

            // スタイルのカスタマイズ
            ICellStyle style = workbook.CreateCellStyle();
            IFont font = workbook.CreateFont();
            font.FontHeightInPoints = 12;
            font.FontName = "Arial";
            font.IsBold = true;
            style.SetFont(font);
            style.FillForegroundColor = IndexedColors.LightYellow.Index;
            style.FillPattern = FillPattern.SolidForeground;
            cell.CellStyle = style;

            // メモリストリームに書き込み
            workbook.Write(stream, true);//★★★★★
            // ストリームの位置を先頭に戻す
            stream.Position = 0;//★★★★★
        }
    }
}
ポイント

★★★★★ は要注意:
-workbook.Writeの実行にstreamを自動的に閉じないようにしておいてください