EventSystem.current.IsPointerOverGameObject() を使うと、nGUI上のオブジェクトをいじってるときにはクリックを無視できる。

タップに反応しない例

if (Input.GetMouseButtonDown (0)) {
    if (EventSystem.current.IsPointerOverGameObject()) {
        // nGUI上をクリックしているので処理をキャンセルする。
        return;
    }
}

ところが、実機(iPhone)では処理がスキップされなくて困った。
ぐぐってみたところ、以下の記事を発見。

[Unity]uGUIが被ってる場合はオブジェクトタップの処理を止めたい

どうやら、IsPointerOverGameObject()はそのままではマウスクリックしかチェックしないらしい。
タップをチェックするには、引数にInput.GetTouch(0).fingerIdを渡せば良いようだ。

タップに反応する例

if (Input.GetMouseButtonDown (0)) {
    if (EventSystem.current.IsPointerOverGameObject(Input.GetTouch(0).fingerId)) {
        // nGUI上をクリックしているので処理をキャンセルする。
        return;
    }
}

上記のように修正したところ、うまく動いた。

【追記:２０２２年８月２３日】

EventSystem.current.currentSelectedGameObjectのヌルチェックをする方法もあるようだ。
（iPhoneでの動作は未確認)


    if (EventSystem.current.currentSelectedGameObject != null) {
        return;
    }

参考: https://gomafrontier.com/unity/4049