エラー
docker-compose up -dでdockerを起動しようとすると，
Encountered errors while bringing up the project
...（中略）... not a directory ...
のようなエラーがでました．
要約すると，.envがディレクトリではなくファイル形式になっているよという内容のようでした．
たしかに.envをディレクトリにすると直るのですが，ファイル形式でないと環境変数などが記述できず意味がない…
解決方法
一度イメージごと削除して再起動したら直りました．
（ただのdocker-compose downでは直りませんでした）
# イメージごと削除する
docker-compose down --rmi all
# 起動
docker-compose up -d