Cellpose 3.1.1.1のWindows 11へのインストール

Cellpose インストール手順（経験談）

環境

• OS: Windows 11
• Anaconda prompt: インストール済み
• GPU: Quadro RTX 4000
• Cellpose: 未インストール

手順

以下は、私が実際に試した際に成功した方法です。

1. NVIDIAドライバを最新にする

   • NVIDIA公式サイトから最新のドライバをダウンロードしてインストールする。

2. Anacondaのbase環境から新しい環境を作成

   conda create --name cellpose python=3.11
   

3. 作成した環境にCellposeをインストール

   python -m pip install cellpose[gui]
   

4. torchをアンインストール

   pip uninstall torch
   

5. PyTorchのGPU対応バージョンをインストール

   • PyTorch公式サイトからCUDA 11.8対応のバージョンを選択。今回は以下のコマンドを実行。

   pip3 install torch torchvision torchaudio --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu118
   

6. Cellposeを起動する

   python -m cellpose
   

詰まったところと解決した内容

1. ドライバ更新前の問題（CUDA 11.0の場合）

ドライバが古い（CUDA 11.0）状態では、torchはGPUを認識するものの以下のエラーが発生した。

try:
    device = torch.device("cuda:0")
    x = torch.zeros((1,1)).to(device)
    print("CUDA is working on device:", torch.cuda.get_device_name(0))
except Exception as e:
    print("Error using CUDA:", e)

エラー内容：

Error using CUDA: CUDA error: out of memory

→ ドライバを最新のものに更新することで解決。

2. Cellpose公式推奨インストール方法でGPU対応版が入らない

Cellposeの公式GitHubのReadmeにある以下の方法では、GPU対応版がインストールされなかった。

conda install pytorch pytorch-cuda=11.6 -c pytorch -c nvidia

→ PyTorchの公式サイトから直接対応するCUDAバージョンを選択してインストールすることで解決。

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以上が私の環境での成功事例です。