react-hook-formで任意のフォームの状態を更新するときsetValueを使っている箇所はありませんか?
その時にsetValue('targetKey', value)とオプションをつけずに実行するとisDirtyがfalseのまま変わりません。
実際にユーザー操作に近い操作を期待する場合は、setValue('targetKey', value, {shouldDirty: true})とオプションをつけてあげるとisDirty: trueになります。
ref https://github.com/react-hook-form/react-hook-form/issues/72#issuecomment-656500986