NetBeansはプロジェクトではなくウィンドウからファイルを選択してファイルで開いて作業していきます｡
作成したRailsのアプリからプロジェクトを作成すると、NetBeansでdatabase.ymlが勝手に書き換えられてしまうので､
以下のようにdatabase.ymlを書き直します｡

database.yml


# SQLite version 3.x
#   gem install sqlite3
#
#   Ensure the SQLite 3 gem is defined in your Gemfile
#   gem 'sqlite3'
#
default: &default
  adapter: sqlite3
  pool: 5
  timeout: 5000

development:
  <<: *default
  database: db/development.sqlite3

test:
  <<: *default
  database: db/test.sqlite3

production:
  <<: *default
  database: db/production.sqlite3

そのあとで､

でサーバーに接続したり

migrate

でマイグレーションして

するとsqliteに接続できました