入金日を入れないまま出荷してしまった！
こうなると管理画面からは入金しているのに未入金と表示されたままになってしまいます。
しかも公式ドキュメントでは管理画面ではこれを修正する事はできないと書かれています。
入金フラグはどこで見る？
ユーザーステータスのマスターはmtb_customer_order_statusテーブルに格納されており、そのIDがdtb_orderテーブルのorder_status_idフィールドに格納されています。
じゃあ、order_status_idを書き換えれば入金フラグが立つのでは？と思い見てみると、値は5、mtb_customer_order_statusでは発送済みのステータスで、そもそも入金済みというフラグは存在しないことがわかります。
じゃあどこで入金フラグがあるの！？
もう一度dtb_orderテーブルを見てみるとpayment_dateというフィールドが空になっているのがわかります。
これが入金の有無、空なら未入金、日付が入っていれば入金フラグという仕組みになっています。
つまり、payment_dateフィールドに日付を入れてしまえば未入金という表示は消えます。
取り急ぎ、order_dateフィールドの日付と同じ日を入れてしまえば問題ないでしょう。
まとめ
入金日を入れないまま出荷してしまったら、その注文IDでdtb_orderテーブルを検索、そこのpayment_dateフィールドに日付を入れれば入金フラグが立ち未入金でなくなる。
これくらいは公式ドキュメントに書いてくれてもいい気はするんですが。