ARDUINOを使うと基本USBを使ってプログラムをアップロードしてますよね
経路
C:\Program Files (x86)\Arduino\hardware\arduino\avr
PROGRAMMERS.TXT
STK500V2をサポートするUSB-SERIAL MODULEをつかいました。
PROGRAMMER.TXTを開けて下の内容を追加します。
my_avrisp.name=MY AVRISP
my_avrisp.communication=serial
my_avrisp.protocol=stk500v2
my_avrisp.program.protocol=stk500v2
my_avrisp.program.tool=avrdude
my_avrisp.program.extra_params=-P{serial.port}