下記サンプルコードは、選択されている部分に対して、aを3回繰り返している部分を置換します。

replace.js

function sakuraReplace(str00) {
 var i=0;
 var lines="";
 var str01="";

 lines = str00.split(/(\r|\n|\r\n)/); // 改行コードで分割して変数に代入

 for (i in lines) // 分割したライン数をループ
 {
    str01 +=  lines[i].replace(/[a]{3}/,'【選択されていた文字を置換しました。】',6) + "\r\n";
 }
 return(str01);
}

var str00 = Editor.GetSelectedString(0); // 選択部分を変数に代入
if ( str00 !== "" ) Editor.InsText(sakuraReplace(str00));

マクロ実行対象ファイルは以下になります。

test.txt

aaa bbb ccc
ddd eee fff
ggg hhh iii
jjj kkk lll
mmm nnn ooo
ppp qqq rrr
sss ttt uuu
vvv www xxx
yyy zzz 000
111 222 333
444 555 666
777 888 999

マクロ実行結果

test.txt

【選択されていた文字を置換しました。】 bbb ccc
ddd eee fff
ggg hhh iii
jjj kkk lll
mmm nnn ooo
ppp qqq rrr
sss ttt uuu
vvv www xxx
yyy zzz 000
111 222 333
444 555 666
777 888 999