サンプル

See the Pen ScrollingMenu(height) by DesignChips (@DesignChips) on CodePen.

See the Pen ScrollingMenu(outerHeight) by DesignChips (@DesignChips) on CodePen.

コード

<body>
  <nav class="menu-wrap">
  <ul class="menu">
    <li><a href="#">menu1</a></li>
    <li><a href="#">menu2</a></li>
    <li><a href="#">menu3</a></li>
    <li><a href="#">menu4</a></li>
    <li><a href="#">menu5</a></li>
  </ul>
</nav>
    <img src="http://lorempixel.com/image_output/nature-q-c-1920-1280-2.jpg" alt="" />
</body>

.menu-wrap {
  padding: 10px 0;
  position: fixed;
  z-index: 9999;
  top: 0;
  left: 0;
  width: 100%;
  background: rgba(0,0,0,.5);
  transition: .3s;
  opacity: 0.8;
}
.menu {
  list-style-type: none;
  width: 960px;
  margin: 0px auto;
  padding: 0;
}
.menu li {
  width: 20%;
  float: left;
  margin: 0;
  padding: 0;
  text-align: center;
}
.menu li a {
  display: block;
  width : 100%;
  padding: 20px 0;
  color: #fff;
  font-size: 14px;
  line-height: 1;
  text-decoration: none;
  transition: .3s;
}
.menu li a:hover {  background: rgba(0,0,0,.3) }

img {
  width: 100%;
}

heught.js

var menuHeight = $(".menu-wrap").height();
var startPos = 0;
$(window).scroll(function(){
  var currentPos = $(this).scrollTop();
  if (currentPos > startPos) {
    if($(window).scrollTop() >= 200) {
      $(".menu-wrap").css("top", "-" + menuHeight + "px");
    }
  } else {
    $(".menu-wrap").css("top", 0 + "px");
  }
  startPos = currentPos;
});

outerHeight.js

// var menuHeight = $(".menu-wrap").height();
var menuHeight = $("#menu-wrap").outerHeight();
var startPos = 0;
$(window).scroll(function(){
  var currentPos = $(this).scrollTop();
  if (currentPos > startPos) {
    if($(window).scrollTop() >= 200) {
      $(".menu-wrap").css("top", "-" + menuHeight + "px");
    }
  } else {
    $(".menu-wrap").css("top", 0 + "px");
  }
  startPos = currentPos;
});

jQuery の height と outerHeight の違い

それぞれ取得できる高さが異なるので注意です。.menu-wrapにpaddingを設定している場合、height()ではメニューが途中までしか隠れず、下の方が表示されてしまいます。

var $('.menu-wrap').height(); // padding, marginを含まない高さ
var $('.menu-wrap').outerHeight(); // paddingを含む高さ
var $('.menu-wrap').outerHeight({margin: true}); // padding, marginを含む高さ