Berkshelfはver2からver3でだいぶ仕様が変わるので気をつけましょう

今のうちからver3を使いましょう

2013/12/30時点では、

gem install berkshelf

するとver2がインストールされます。

しかしver2はじきに時代遅れになるのでいまのうちからver3を使いましょう。

gem install berkshelf --pre

すれば3.0.0.beta4をインストールできます。

ver3では依存関係のトラブルがいろいろ解消されているようです。
例えばCygwinだとver2はインストールできませんでしたがver3はすんなりインストールできました。

Berksfileの記法が変わる

ver2
site :opscode
ver3
source "http://api.berkshelf.com/"

コマンド体系が変わる

ver2
berks --path=vendor/cookbooks

ver3
berks vendor vendor/cookbooks

その他変更点はGithubのwikiを見ましょう。

ここを見ればよさそうです。