結論

・入力できる文字数が違う
・複数行テキストのほうがたくさん入力できる
・複数行テキストは後々ペン入力にも変更できる

最大文字数

複数行テキスト：1,048,576（デフォルトは2000）
テキスト領域：4000（デフォルトは100）

サインなどを求められるときに使える機能で、フォームのカスタマイズ画面から切り替えることができます。

より凝った文章を作りたいときに使えます。
・太字
・フォント
・文字の大きさ
・下線
・テーブル
・カラー etc...
これもどちらもあとから切り替えられます。ご心配なく。
フォームのカスタマイズ＞コンポーネント＞コントロール

基本的には入力文字数で使い分けるのがいいと思います。
日報など簡単なものであれば4000は超えないと思いますし、調べ物を貼り付けたりたくさんのURLを必要とする場合は複数行テキストがいいと思われます。（URLはURL型の列を作るのが最適ですが…）

強いて言うならそこまで長い文章が必要でないのであれば入力文字数制限は少なければ少ないほうがデータ容量をキープできると思います。
ダラダラと長い文章で読みづらいアプリを作るのはナンセンスですから。

・ほぼ一緒
・文字数が多そうなときは一旦複数行テキストで保持

昔の名残なんだろうけどどっちかに統一でええやん。
PowerAutoamteの方で挙動が違った気がするのでそのへんは要検証。