想定しているデータ形式

x,yの2次元系の温度分布のようなデータをカラーでプロットする場合を考える。たとえばfortranで出すとしたら、次のようなコードで出力されたものを考える。

do i = 1,Nx
   do j = 1,Ny
      write(UNITNUM,*) i,j,A(i,j)
   end do
end do

この場合、出力されるデータの並びは次のようになる。

1 1 0.000
1 2 1.000
...
1 10 0.424
2 1 0.242
...
10 10 0.551

(10というのは適当に決めました)

データの整列

loadtxtで読むところまでは前回と同じだが、今回は3列であり、その上データの並びも折り返しを含むややこしい形になっている。

必要なデータ

contour図のプロットには、同じサイズを持つ3つの2次元NumPy配列が必要である。

各メッシュの横軸の値のリストx（同じ行では同じ値となる）
各メッシュの縦軸の値のリストy（同じ列では同じ値となる）
各メッシュのプロットしたい量の値のリストz

（参考サイトにわかりやすい図がある。）

このうち前の2つx,yは、1次元リストから生成するためのメソッドが用意されている。そのため基になる1次元リストを生成しなければならないが、方法としては

サイズを用いてリスト内包表記などで抽出する
Numpy.linspaceを使う

などがある。

得られた1次元リストをpcolorメソッドで使えるような形にするには、numpyのmeshgridメソッドを使う。

x,y = np.meshgrid(x,y)

リストの整列

zはloadtxtした時点では1列に並べられているため、numpy.reshapeを用いて適切なサイズにしたのち、場合によっては転置する必要がある。

先の例ではzはyがny個書き出され、それをnx回折り返している。そのため列数がnyとなり、そのためサイズは(nx,ny)とする。

ただしプロットするデータは行がy、列がxに対応している。そのため行列を転置する必要がある。

pcolorとcontour

今回作るのはcontour図なので、直感的には「前回はpyplot.plotとしたところをpyplot.contourとするとよい」と思われる。ただし、contourは等高線をつないだ図になるので、カラーバーが不連続になってしまう。

そのため、gnuplotのpm3dに対応する連続的な温度図のようなものを出すにはpyplot.pcolorを使う。

サンプルスクリプト

contour.py

import numpy as np
import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

nx = 100
ny = 200

mydata = np.loadtxt('mydata.txt')
xx = np.linspace(0,nx,nx)
yy = np.linspace(0,ny,ny)

xx,yy = np.meshgrid(xx,yy)

zz = mydata[:,2].reshape(nx,ny).T

myfig = plt.figure()
myax = myfig.add_subplot(1,1,1)

myim = myax.pcolor(xx,yy,zz)
myfig.colorbar(myim)

myfig.savefig('contour.png')

参考サイト

http://d.hatena.ne.jp/y_n_c/20091122/1258904025
メッシュの構造が分かりやすく解説されている。

資料作りのためのmatplotlib入門(2) 2次元contour図