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日本語版 Galaxy チュートリアルと Galaxy セミナーについて

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3日目のアドベントカレンダーでは、Galaxy Training! の紹介とそのサイトの問題点についてお伝えしました。
今回はこの問題点を解消すべくこれまで行ってきた、翻訳による日本語版チュートリアルの作成についてや Galaxy セミナーについて書かせていただきます。

日本語版 Galaxy チュートリアルについて

前回紹介した Galaxy Training! は基本的に英語で書かれているサイトです。
英語が分かる人なら問題ないですが、あまり英語が読めない人にとっては、Galaxy を学ぶことに加えて英語を解読しなければならず、Galaxy の使い方を学ぶ上で負担になってしまいます(同時に英語を学べるという意味では原文も良いのですが)。
また、前回の記事で述べたように、原文のチュートリアルは割と高い確率でその通りに作業しても上手くいかないです。
これらの理由から、日本語版チュートリアルの作成を通して、翻訳をしつつ実際に Galaxy でチュートリアルをやってみてエラーが起きないかの確認をしています。
以下は日本語版チュートリアルの一部です。
スクリーンショット (1).png
(https://github.com/A-Asai/training-material/blob/master/topics/introduction/tutorials/galaxy-intro-peaks2genes/tutorial_ja_notag.md)

確認してエラーがある場合は、解決策を探って解決次第、セミナーでお伝えしたり Qiita にて補足記事を出したりしています(GitHub に公開している日本語版チュートリアルは原文に沿うため直訳しているので解決策を別の場所に書いています)。

Galaxy セミナーについて

Galaxy を学びたい人がよりスムーズに Galaxy を使えるようになるために、上に書いたチュートリアルをもとに Galaxy のハンズオンセミナーを定期的に行ってきました。
スクリーンショット (2).png
(https://pitagora.connpass.com/)

以下にこれまでのセミナーで起きた失敗や反省、それらを踏まえて考えた、推奨する Galaxy セミナーのやり方などを書いたので、需要があるかは分かりませんが参考にしてください。

これまでのセミナーで起こった事故と解決策

  • セミナーを受講する人数が増えると、Galaxy が動かなくなる。
    • Galaxy セミナーでは基本的に公共サーバーの Galaxy を用いて行います(Galaxy 公共サーバー についてはカレンダー内の他の記事を参照してください)。ハンズオンセミナーを普通に行うと、複数人が1つの公共サーバーに同時にワークフローの実行をしてしまうので、いつまで経ってもワークフローが完了しないといったことが起こります。解決策としては、ヒストリーを共有することであらかじめ解析結果を渡しておき、ツールの実行を不必要に行わないようにすることです。
  • チュートリアルに沿ってそのままハンズオンセミナーを行うとどうしても時間が長くなり予定の時間内に収まらなくなる。
    • Galaxy Training! にあるチュートリアルの大部分は 3時間~1日を所要時間として行うものとされており、1時間程度では通常は終わりません。それでもなんとか 1時間程度に収めるためには、上と似たことになりますが、前もってチュートリアルを行う時に各ツールの実行時間を測っておき、時間のかかるツールの実行結果を受講者と共有しておくことが大切です。
  • セミナーの時に限って使用している PC が異常をきたす。
    • なるべく良い PC を使いましょう。
  • 準備時に予想もしていなかったエラーが起きる。
    • これに関してはどんなに準備をしていても起こると思ってセミナーをやった方がよいと思います。勿論準備すればするほど起こるエラーに対応しやすくなるので、事前の準備は大切です。

推奨する Galaxy セミナーのやり方

  • セミナーをやる一週間前くらいには一度チュートリアルの内容を通しで行う。
    • 各ツールの時間を測ったり、それぞれのツールのインプットやアウトプットをスクショして、それらを別途資料にまとめておくとなお良い。
  • 時間帯と日にちを変えて(なるべくセミナーを行う際の時間帯に合わせると良い)もう一度チュートリアルの内容を通しで行う。
    • 時間帯を変えるのは、公共サーバーの時間帯による混雑具合を確かめるためです。
    • このときはなるべくタイムアタック感覚で行うと本番に気持ちの余裕が生まれます。
  • 当日にもう一度通しで行う。
    • 案外この段階で間違いに気付いたりするのでなるべく行いましょう。
    • 会場でのセッティングも本番直前になるよりは先にやっておいた方が良いです。
  • 後はセミナーが上手くいくよう祈りましょう。
  • セミナー終了!お疲れさまでした。

最後に

Galaxy セミナーは今後も需要があれば頑張ってやっていきますので、誰かに教わりたいという方は気軽にPitagora Galaxy の meetup に参加してください!

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