CRAN上のRパッケージはWindows向けにはバイナリで提供されていることがほとんどですが、Linux向けにはソースで提供され、コンパイルが必要です。
このため、install.packages('hoge')すると、
configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found"
といったメッセージが返ることがあります。
ほうほうODBCね、と思ってbashで
apt search odbc
するとうんざりするほどのodbcを名前に含むパッケージが!
経験豊かな人でなければ、どれを入れればいいか分かりません。
grepする
例えば、開発者向けパッケージが怪しいなら
apt search odbc | grep dev
として、grepで絞り込むことができます。
|はパイプで、左側の結果を右側のコマンドに渡してくれます。
この場合、左側の結果の中から、grepでdevを含むパッケージを絞り込みます。
バージョン(新旧)やアーキテクチャ(x64 or i836)の違いを除くと以下にまで絞れます。
- libghc-haskelldb-hdbc-odbc-dev - HaskellDB support for the HDBC ODBC driver
- libghc-hdbc-odbc-dev - unixODBC HDBC (Haskell Database Connectivity) Driver for GHC
- libiodbc2-dev - iODBC Driver Manager (development files)
- libocamlodbc-ocaml-dev - UnixODBC database bindings for OCaml
- unixodbc-dev - ODBC libraries for UNIX (development files)
なんとなくunixodbc-devがprimitiveっぽくて怪しい気がしますが自身は持てません。
結局sql.hとsqlext.hを含んでいないものをインストールしてしまうと残念。
apt-file findする
apt-file findであるファイルを含むパッケージがどれか調べることができます。
これを用いてsql.hとsqlext.hを含むパッケージを探しましょう。
apt-fileが未インストールであればインストールします。
sudo apt update
sudo apt install apt-file
apt-fileを使いましょう
apt-file update
apt-file find ^sqlext.h$
まずupdateすることでファイル一覧を入手します。
その後findで欲しいファイルを含むパッケージを見つけます。
manには1つのファイルを含むパッケージを見つけるとあるので
apt-file find sql.h sqlext.h
としても両方含むものを見つけることはできません。
うまく結果を統合したいですが私のshell力が足りない。
sqlext.hを含むパッケージは
- libiodbc2-dev: /usr/include/iodbc/sqlext.h
- libwine-development-dev: /usr/include/wine-development/windows/sqlext.h
- mingw-w64-common: /usr/share/mingw-w64/include/sqlext.h
- mingw-w64-x86-64-dev: /usr/x86_64-w64-mingw32/include/sqlext.h
- unixodbc-dev: /usr/include/sqlext.h
- wine1.6-dev: /usr/include/wine/windows/sqlext.h
ですので、やはりunixodbc-devでよさそうです。
apt install unixodbc-dev
すればsql.hとsqlext.hが手に入ります。
Enjoy!!
追記: cran2debとかc2d4uの依存関係を見る
2018/03/30 16:23
yutannihilationさんに教えて頂きました。
ちょっとまだ試せていませんが、取り急ぎ。
知ってるかもですが、cran2debとかc2d4uの依存関係を見るのが確実です。 https://t.co/Cy9ibZ2nWA あとは、あんまり使ったことないけど https://t.co/4wqwyeYMXU も便利かも。
— Hiroaki Yutani (@yutannihilation) March 30, 2018