Seurat in Linux (インストール)

概要

SeuratをLinuxで動かそうとしたら、インストールに結構苦戦してしまったのでメモ
OS : Linux mint 19.3 Tricia

やる

チュート通り、install.packages("Seurat")してみるが、依存関係パッケージのインストールができない。
ちょっと調べてみると、どうもsudo apt install r-baseでインストールできるRのバージョンは3.4と古く、対応してないパッケージがあるみたい。新しいバージョンを入れるにはレポジトリと公開鍵を追加する必要がある。

# 一旦、Rをアンインストールする
$ sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
$ sudo apt autoremove
$ sudo apt update

# 公開鍵とレポジトリを追加する
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
$ sudo add-apt-repository https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

これで追加すると追加したhttps://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/が何故かhttps://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu mainとなってしまっているので、[システム設定]→[ソフトウェアソース]から正しいものに変更する。

そして、再びRをインストール

$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

これでR 3.6のインストールができた。

これで再度install.packages("Seurat")すると、またひっかかる。ldコマンドのオプションがないそう。
ターミナルからこれを入れる。Opensslも入ってなかったので一緒に入れる。

$ sudo apt install liblapack-dev　liblapack3　libopenblas-base　libopenblas-dev gfortran libssl-dev

これでも引っかかる。BioManagerからmulttestを入れる。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

これでinstall.packages("Seurat")するとSeuratをインストールできた。