Agilent MicroArray(1色法)解析備忘録２

グラフ作る

データフレーム化

1列目が遺伝子名、2列目が発現量の平均、3列目以降が各群の発現量とします。
そして最終列に比較したい群間の発現量の差を置きます。

coe <- fit$coefficients
gene <- fit$genes$GeneName
ame <- fit$Amean

x <- cbind(cbind(gene,ame),coe)
x <- as.data.frame(x)
for (i in 2:ncol(x)){
x[,i] <- as.numeric(as.character(x[,i]))
}
x$contrast <- x$KO-x$WT

散布図

黒一色

xlim=c(0,20)
ylim=c(-5,5)
plot(x[,2],x[,ncol(x)],col="black",
     xlab="Mean",ylab="Difference",main="WT vs KO",xlim=xlim,ylim=ylim)

main：グラフタイトル
xlab, ylab：軸ラベル
xlim, ylim：軸範囲

発現量に応じて色分け

xlim=c(0,20)
ylim=c(-5,5)

plot(x[x$contrast<(-1),2],x[x$contrast<(-1),ncol(x)],col="blue",
     xlab="",ylab="",xlim=xlim,ylim=ylim)
par(new=T)
plot(x[x$contrast>1,2],x[x$contrast>1,ncol(x)],col="red",
     xlab="",ylab="",xlim=xlim,ylim=ylim)
par(new=T)
plot(x[x$contrast<1 & x$contrast > -1 ,2],x[x$contrast<1 & x$contrast > -1 ,ncol(x)],col="black",
     xlab="Mean",ylab="Difference",main="WT vs KO",xlim=xlim,ylim=ylim)

xlim, ylimは3色全てで同じになるように指定する必要あり

特定遺伝子をプロット

上記のものに追記する形で表示できます。今回はシンボルから指定します。

par(new=T)
gene_name="Gapdh"
plot(x[tolower(x[,1])==tolower(gene_name),2],x[x[,1])==tolower(gene_name),ncol(x)],col="Green", pch=19, cex=1.5, 
     xlab="",ylab="",xlim=xlim,ylim=ylim)

pch：点の形状
cex：点のサイズ
1遺伝子に対し、プローブが複数あるので、複数プロットされることがあります。

遺伝子セットのプロット

GSEA(http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp) からダウンロードしたtxtファイルを想定してます。

target <- read.table("geneset.txt",header=F,skip=2)
target <- target$V1
cols <- rainbow(length(target))

for (i in target){
par(new=T)
plot(x[tolower(x[,1])==tolower(i),2],x[tolower(x[,1])==tolower(i),ncol(x)],col=cols[col_num], pch=19, cex=1.5, 
     xlab="",ylab="",xlim=xlim,ylim=ylim)
col_num <- col_num+1}

遺伝子ごとに色を変えるようにしたんですが、遺伝子数が多いと却って分かりにくくなってしまった感

おわり

かなり強引にやってしまった感が強いので、スマートな方法知ってる人いたら教えてください