なんかたまにこの問題にぶつかってそのたび調べてるのでメモ
結論から言うと作れる
以下はLinuxのzipコマンドでつくった4GBバイトを超えたZIPファイルをWindowsから見た時の絵
Windows7エクスプローラーで見た時
7zipの情報ボタンを押したとき
デフォルトのZIPファイルの制限は4GBだがLinux（またはOSX）に入っているZIPコマンドは64bit拡張に対応しており自動的に拡張ヘッダをつけて４GBを超えたZIPも取り扱えるようになっている。
ZIPコマンドはデフォルトで入ってるものが info-zip 16 June 2008 (v3.0) で結構古いのでどのUNIX系OSでもこのバージョンが今は入っているものと思われる。
古いWindowsなどでは64bit拡張のZIPにデフォルトで対応はしてないが、サーバー系のバッチでZIPファイルを作って処理する場合は問題にならないだろう。