WSLのUbuntu 20.04のJupyterでRを動かそうとしたら思いの外苦戦したのでメモ。
ついでにJuliaも入れてみる。
WSLは2じゃなくて1のほう。
Anacondaなしでやってみる。
RをJupyterで動かすのに必要な追加ライブラリのインストールが必要でかなり時間がかかった。３～４時間くらい？
必要ないパッケージも入ってるかも。
Microsoft StoreからUbuntu 20.04をダウンロード。
ちなみにMicrosoftアカウントにサインインを求められるが必要なければキャンセルしてすぐダウンロードできる。
とりあえずUbuntuのアップデート。
$ sudo apt update
$ sudo apt upgrade
$ sudo apt install jupyter
一旦jupyter notebookの起動確認。
$ jupyter notebook
Powershellが起動して黒い画面が表示されるようになった？
一旦Ctrl+Cでこの画面から出る。
shutdown this notebook server?
と出るが無視して、この上に表示されているURLからJupyterに入る。
ブラウザで問題なくJupyterの画面を開くことができればとりあえずJupyterのインストールは成功。
続いてRをインストールする。
$ sudo apt install r-base
Ubuntuにライブラリを追加しておく。
$ sudo apt install build-essential libcurl4-openssl-dev
$ sudo apt install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
$ sudo apt install xorg libx11-dev libglu1-mesa-dev libfreetype6-dev
$ sudo apt install r-cran-rgl
Rに入る。
$ R
アップデートする。
数回(yes/no/cancel)と聞かれるが基本的にyesでOK。
> update.packages(ask=FALSE)
Rの追加パッケージをインストールする。
> install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE)
> install.packages("rstan")
> install.packages(c("devtools"))
> install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'uuid', 'digest'))
以上のパッケージを入れておけばdevtoolsでIRkernelをインストールできると思う。
> devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
> IRkernel::installspec()
IRkernel設定できればJupyterのカーネルにRを選択できる。
続けてUbuntuにJuliaをインストールする。
と言っても基本的にJuliaのサイトhttps://julialang.org/downloads/ からアーカイブファイルをダウンロードすれば使用可能。
$ wget https://julialang-s3.julialang.org/bin/linux/x64/1.4/julia-1.4.1-linux-x86_64.tar.gz
ダウンロードしたファイルを解凍する。
$ tar zxf julia-1.4.1-linux-x86_64.tar.gz
解凍したjuliaディレクトリを/etc/か/opt/あたりの適当な場所に移動する。
$ sudo mv julia-1.4.1 /etc
パスを通しておく。
$ echo 'export PATH="/etc/julia-1.4.1/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
juliaに入る。
$ julia
juliaのロゴが表示されたらパスを通すところまで成功している。
juliaのパッケージモードに入る。
julia> ]
IJuliaをインストールする。IJは大文字。
pkg> add IJulia
バックスペースキーを押して元に戻ってIJuliaを適用する。
julia> using IJulia
juliaを終了したらUbuntuでjupyterのカーネルを確認する。
$ jupyter kernelspec list
pythonの他にirとjuliaが表示されていれば多分インストールは成功。
Rでパッケージを追加するときはjupyterではなくコマンドラインから入れたほうがいいかも？
notebook上でinstall.packagesしても普通に実行できた。
インストール途中でWSL見たらちゃんとコマンドが動いていたしパッケージ普通に動いてるようなので問題なさそう。
以上。