動作環境

Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1を使用。
Python 2.6.6 (r266:84292, Aug 18 2016, 15:13:37) 
Python 3.6.0 on virtualenv
GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)

前置き

convertコマンドにてpngファイルにラベルを追加しようとするが、ラベルが追加されない。

$ identify src.png 
src.png PNG 430x360 430x360+80+62 8-bit DirectClass 120KB 0.000u 0:00.000

gimpで開いた時に、画像がずれて表示される
透明色がある

ppmに変換

いったんppmに変換してみるとどうか。

変換については以下を参考にしました。
ImageMagickのconvertコマンドで特定の色を置換する @ Aggressive Engineerさん

情報感謝です。

以下のように使いました。

$ convert -fill white -opaque none src.png dst.ppm

ラベル追加テスト

$ convert -annotate +80+20 "TEST" dst.ppm dst.png

上記ではラベルが追加された。

$ identify dst.ppm 
dst.ppm PPM 430x360 430x360+0+0 8-bit DirectClass 464KB 0.000u 0:00.000