動作環境
Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NetCDF関連のソースからのインストールを実施中。
HDF5を使うので、HDF5がインストールされた場所の指定が必要。
HDF5はyumでインストールされている。
yum -qaではその場所は見つからず。
以下で関連ファイルの表示がされた。
# rpm -ql hdf5 | less
/usr/bin/gif2h5
/usr/bin/h52gif
/usr/bin/h5copy
/usr/bin/h5debug
/usr/bin/h5diff
/usr/bin/h5dump
/usr/bin/h5import
/usr/bin/h5jam
/usr/bin/h5ls
/usr/bin/h5mkgrp
/usr/bin/h5perf_serial
/usr/bin/h5repack
/usr/bin/h5repart
/usr/bin/h5stat
/usr/bin/h5unjam
/usr/lib64/libhdf5.so.6
/usr/lib64/libhdf5.so.6.0.4
/usr/lib64/libhdf5_cpp.so.6
/usr/lib64/libhdf5_cpp.so.6.0.4
/usr/lib64/libhdf5_fortran.so.6
/usr/lib64/libhdf5_hl.so.6
/usr/lib64/libhdf5_hl.so.6.0.4
/usr/lib64/libhdf5_hl_cpp.so.6
/usr/lib64/libhdf5_hl_cpp.so.6.0.4
/usr/lib64/libhdf5hl_fortran.so.6
/usr/lib64/libhdf5hl_fortran.so.6.0.4
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/COPYING
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/HISTORY-1_0-1_8_0_rc3.txt
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/HISTORY-1_8.txt
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/MANIFEST
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/README.txt
/usr/share/doc/hdf5-1.8.5.patch1/RELEASE.txt