WPS / bash > WPS用のGRIBFILEのSymbolic link処理 > 2カ月までの対応 #Bash

動作環境

Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1
GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)
GNOME Terminal v2.31.3

WRF(Weather Research and Forecasting Model)関連。

WPSにおいて、気象データをGRIBFILE.XXXという名前でリンクするスクリプト(link_grib.csh)があるが、自分が行いたい月またぎ（年をまたぐ場合もある）のファイル処理の時に使い勝手が悪い。

無関係な10カ月のデータを含めてSymbolic linkする方法はあるが、bash scriptを作って処理することにした。

v0.1

code

link_grib_170130_exec

#!/bin/env bash

#
# v0.1 Jan,30,2017
#   - set Symbolic links
#   - get file list using 1st and 2nd runtime parameters
# === branched from [26_26_26_exec] ===
#
# v0.3 Jan,30,2017
#   - add Test_ToAlphabets
# v0.2 Jan,30,2017
#   - move to function
# v0.1 Jan,30,2017
#   - implemented in main 
#

ToAlphabets(){
    NUM_ALPH=26 #  number of alphabet
    CHAR_A=65 #  ASCII character code for 'A'

    num_inp=$1 #  input

    num1=$((num_inp % NUM_ALPH + CHAR_A))
    num2=$(((num_inp / NUM_ALPH) % NUM_ALPH + CHAR_A ))
    num3=$(((num_inp / NUM_ALPH / NUM_ALPH) % NUM_ALPH + CHAR_A ))

#   printf '%x %x %x' {$num3,$num2,$num1}
#   echo # just for LF
    printf '%x %x %x' {$num3,$num2,$num1} | xxd -r -p
    echo # just for LF
}

Test_ToAlphabets(){
    for lines in `seq 31 41 592`;do
        echo "$lines:"
        ToAlphabets $lines
    done
}


#Test_ToAlphabets

#for debug
#echo $#

if [ $# -eq 0 ]; then
    echo "Usage:"
    echo "  [cmd] [target prefix1] ( [target prefix2] )"
    echo "  to make symbolic links for WPS"
    echo 
    echo " where ()  is optional"
    exit
fi

# 1. obtain list of files
if [ $# -eq 1 ]; then
    files=$(ls ${1}*)
fi
if [ $# -eq 2 ]; then
    files=$(ls ${1}* ${2}*)
fi

# 2. process for each file (Symbolic link)
PREFIX_FILENAME="GRIBFILE"

rm -f ${PREFIX_FILENAME}*

idx=0
for afile in $files;do
    suffix=$(ToAlphabets $idx)
    echo $afile $PREFIX_FILENAME.$suffix # for debug
    ln -fs $afile $PREFIX_FILENAME.$suffix 
    ((idx++))
done

使い方 > 引数なし > 使い方の表示

$ bash link_grib_170130_exec
Usage:
  [cmd] [target prefix1] ( [target prefix2] )
  to make symbolic links for WPS

 where ()  is optional

使い方 > 1つの月だけリンク

$bash link_grib_170130_exec ~/NCEP_DATA/WORK/fnl_201612

こちらの環境では124個(1カ月分)のファイルがリンクされた。

使い方 > 2つの月をリンク

$bash link_grib_170130_exec ~/NCEP_DATA/WORK/fnl_201612 ~/NCEP_DATA/WORK/fnl_201701

こちらの環境では240個のファイルがリンクされた。
FNLファイルは数時間前にスクリプトで取得して1月29日までの分を取った状態。

3つ以上の月の対応

しない。

自分が処理したいデータが3カ月にまたがることがないため。

追加するのは、以下の部分に処理を追加すればいいだけ。

# 1. obtain list of files
if [ $# -eq 1 ]; then
    files=$(ls ${1}*)
fi
if [ $# -eq 2 ]; then
    files=$(ls ${1}* ${2}*)
fi

チェック

http://qiita.com/7of9/items/50bd3af2704f0075e445
に記載の方法を用いて、リンクが正常に行われたかチェックする。