Script.js

for ( var i = 0; i < widgets.length; i ++ ) {
  codemirror.removeLineWidget( widgets[ i ] );
}

上記を下記のように変更している。

Script.js

while ( widgets.length > 0 ) {
  codemirror.removeLineWidget( widgets.shift() );
}

気になるのはwidgets.shift()がどの時点で実行されるか?
removeLineWidget()の処理が済んでから.shift()が実行されるのか。
removeLineWidget()の処理を始める前に.shift()が実行されるのか?

このあたり言語規格で明快に決まっているのだろうか?