具体的には Google の API ライブラリを使ったときに起こった件。
よく検索するとでる方法は

from configurations.compile.collect {it.isDirectory() ? it : zipTree(it)}

方法なんですが、pomが入ってると死ぬんです。

15:44:57: Executing task 'jar'...

> Task :compileJava UP-TO-DATE
> Task :processResources UP-TO-DATE
> Task :classes UP-TO-DATE
> Task :jar FAILED

FAILURE: Build failed with an exception.

* What went wrong:
Execution failed for task ':jar'.
> Could not expand ZIP '/xxxxx/.gradle/caches/modules-2/files-2.1/com.sun.xml.bind/jaxb-ri/2.3.2/f37875be0bc7d265b5bbb08eb55b2345c27e67aa/jaxb-ri-2.3.2.pom'.

* Try:
Run with --stacktrace option to get the stack trace. Run with --info or --debug option to get more log output. Run with --scan to get full insights.

* Get more help at https://help.gradle.org

BUILD FAILED in 22s
3 actionable tasks: 1 executed, 2 up-to-date
Cause: archive is not a ZIP archive
15:45:21: Task execution finished 'jar'.

書いてるメッセージ的に、まぁそうですよねー

ということで、pomだったらzipに食わせなければいいというソリューション。
※findAll で終端がpom以外ならを入れる

jar {
    manifest {
        attributes 'Main-Class': 'HOGEHOGE'
    }
    from {
        configurations
                .compile
                .findAll { !it.name.endsWith('pom') }
                .collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) }
    }
}

意外と記事がなかったのでどなたかの参考になれば。

【参考サイト】
https://stackoverflow.com/questions/52816630/unable-to-create-a-jar-of-my-jda-project-because-of-pom-dependency
https://qiita.com/informationsea/items/cd1d8d130a5c7b0bc31a