ローカルで不要なファイルを削除したが，すでにリモートへpushしてしまっていて，削除したことがうまく反映されないときの解決方法．

やること

git add -u # update option
git commit -m "deleted some files"
git push

コマンドの意味

git-addの公式ドキュメントを見ると，

-u
--update
Update the index just where it already has an entry matching . This removes as well as modifies index entries to match the working tree, but adds no new files.
If no <pathspec> is given when -u option is used, all tracked files in the entire working tree are updated (old versions of Git used to limit the update to the current directory and its subdirectories).__

とあり，太字にした箇所のように「インデックスのエントリをワーキングツリーに削除/同期する」とあるので，この機能を使ったことになるのだと思われ...
git rm [filename]でもできるそうだが，これは指定したファイルをgit管理下から外すという操作なので，複数ファイルを扱いたい場合には少し面倒．

参考

ほぼこのページの丸パクリです．
http://core.hatenablog.jp/entry/2013/08/09/134511