リレーション設定なども勝手に個人で設定してよいのか分からない
チーム次第なので要件を確認するといいと思います。一般的な話をすると、本番環境で作られることが想定されるレコードやリレーションを開発環境に用意しておくと挙動確認などが便利になります。
各学年ごとにファイルを作成しなければならないのか
こうすべきという方針はないので、読み書きしやすさを考えて分割してください。ただ、小学校1〜6年生までループして同様のレコードを作るような状況を考えると、学年ごとに分けるのはあまりうまくない気はします。
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