「OpenBabelをc++からいじってみる」の続き。
インストールとかは初回を見てね。
今回試すことは、「生成されたOBMolから一つAtomを削除するとどうなるか」。
今回も実験で使っているのは以下の化合物
Atomの変化について
testAtom.cc
#include <iostream>
#include <string>
#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>
void ShowDetail(OpenBabel::OBMol& mol){
std::cout << "Atom information" << std::endl;
std::cout << "AtomId AtomIdx AtomType" << std::endl;
for(OpenBabel::OBAtomIterator ait = mol.BeginAtoms(); ait!=mol.EndAtoms(); ++ait){
std::cout << (*ait)->GetId() << " "
<< (*ait)->GetIdx() << " "
<< (*ait)->GetType() << " "
<< std::endl;
}
}
int main(int argc, char** argv){
// input molecule using smiles
std::string smiles = "c1cc(C(=O)N(C)C)c2cc(C(=O)N)ccc2c1";
OpenBabel::OBConversion conv;
conv.SetInFormat("smi");
OpenBabel::OBMol mol;
conv.ReadString(&mol, smiles);
std::cout << "========before deletion========" << std::endl;
ShowDetail(mol);
std::cout << "===============================" << std::endl;
std::cout << std::endl;
std::cout << "DeleteAtom Id:9" << std::endl;
mol.DeleteAtom(mol.GetAtomById(9));
std::cout << std::endl;
std::cout << "========after deletion ========" << std::endl;
ShowDetail(mol);
std::cout << "===============================" << std::endl;
return 0;
}
結果は以下の通り。
========before deletion========
Atom information
AtomId AtomIdx AtomType
0 1 Car
1 2 Car
2 3 Car
3 4 C2
4 5 O2
5 6 Nam
6 7 C3
7 8 C3
8 9 Car
9 10 Car
10 11 Car
11 12 C2
12 13 O2
13 14 Nam
14 15 Car
15 16 Car
16 17 Car
17 18 Car
===============================
DeleteAtom Id:9
========after deletion ========
Atom information
AtomId AtomIdx AtomType
0 1 Car
1 2 Car
2 3 Car
3 4 C2
4 5 O2
5 6 Nam
6 7 C3
7 8 C3
8 9 Car
10 10 C3
11 11 C2
12 12 O2
13 13 Nam
14 14 C2
15 15 C2
16 16 Car
17 17 Car
===============================
ちゃんとAtomId=9が消えていることがわかる。
一方、Idxは10が消えた分を詰めている。
Bondの変化について
Atomの変化はわかったので、こんどはBondの変化を見てみる。
testBond.cc
#include <iostream>
#include <string>
#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>
void ShowBondDetail(OpenBabel::OBMol& mol){
std::cout << "Bond information" << std::endl;
std::cout << "BeginAtomIdx EndAtomIdx" << std::endl;
for(OpenBabel::OBBondIterator bit = mol.BeginBonds(); bit!=mol.EndBonds(); ++bit){
std::cout << (*bit)->GetBeginAtomIdx() << " "
<< (*bit)->GetEndAtomIdx() << "\t"
<< (*bit)->IsAromatic() << " "
<< (*bit)->IsInRing() << " "
<< (*bit)->IsRotor() << " "
<< (*bit)->IsAmide() << " "
<< (*bit)->IsPrimaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsSecondaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsTertiaryAmide() << " "
<< (*bit)->IsEster() << " "
<< (*bit)->IsCarbonyl() << " "
<< (*bit)->IsSingle() << " "
<< (*bit)->IsDouble() << " "
<< (*bit)->IsTriple() << " "
<< (*bit)->IsKSingle() << " "
<< (*bit)->IsKDouble() << " "
<< (*bit)->IsKTriple() << " "
<< (*bit)->IsClosure() << " "
<< (*bit)->IsDoubleBondGeometry() << " "
<< std::endl;
}
}
int main(int argc, char** argv){
// input molecule using smiles
std::string smiles = "c1cc(C(=O)N(C)C)c2cc(C(=O)N)ccc2c1";
OpenBabel::OBConversion conv;
conv.SetInFormat("smi");
OpenBabel::OBMol mol;
conv.ReadString(&mol, smiles);
std::cout << "========before deletion========" << std::endl;
ShowBondDetail(mol);
std::cout << "===============================" << std::endl;
std::cout << std::endl;
std::cout << "DeleteAtom Id:9" << std::endl;
mol.DeleteAtom(mol.GetAtomById(9));
std::cout << std::endl;
std::cout << "========after deletion ========" << std::endl;
ShowBondDetail(mol);
std::cout << "===============================" << std::endl;
return 0;
}
結果は以下のようになった。
========before deletion========
Bond information
BeginAtomIdx EndAtomIdx
1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
3 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
4 6 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
3 9 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1
9 10 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
10 11 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1
11 12 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
12 13 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
12 14 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
11 15 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
15 16 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
16 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
9 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
17 18 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
1 18 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
===============================
DeleteAtom Id:9
========after deletion ========
Bond information
BeginAtomIdx EndAtomIdx
1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
3 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
4 6 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
6 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
3 9 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1
10 11 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
11 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1
11 13 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
10 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
14 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1
15 16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
9 16 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
16 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
1 17 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1
===============================
BondにフックされているのはAtomIdxのため、こちらも間を詰めるようになっている。
また、今回削除した原子に関係するBondも削除されている。
さらにさらに、IsAromatic()などの結果も変化している。
Deleteって結構いろんなことをしてるんだなあ、がすごく簡単な感想。