private repositoryで依存関係がある場合、
git submodule等を使う方法もありますが、手間がかかりました。
他のモジュールと同様に扱いたいです。

やりかた

まず、最終形から紹介。

{
  "dependencies": {
    "<modulename>": "git+https://<token>:x-oauth-basic@github.com/<username>/<reponame>#<tagname>"
  }
}

他のモジュールと同じようにかけます。

各設定値

設定値	説明	備考
modulename	そのrepositoryの package.jsonのname
username	そのrepositoryのowner名
reponame	そのrepository名
tagname	利用したいタグ/ブランチ名	#を含めて省略するとmasterブランチを意味する
token	githubのpersonal access token	後述

personal access tokenは、自身の権限で、githubの諸々の操作をするための文字列です。

から設定できます。

詳細な設定方法は下記の記事が参考になります。
http://qiita.com/kz800/items/497ec70bff3e555dacd0

このとき、「repo」に権限を与えておけば、充分です。

このようなやり方で、結合を減らすのはとてもよいやり方と思っていました。
しかし、頻繁なバージョン変更が必要になるなど、ときに機動力を遅くします。
内部でしか使わないことが保証されているのであれば、最近では、lernaなどを使った、monorepoというスタイルが受け入れられてきているようです。

monorepoは便利で魅力的ですが、symbolic linkを張ることに起因した、
特殊な環境であることを考慮する必要があるでしょう。
自然なやり方で、ということでしたら、このやり方もありだと思います。