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Chrome 35.0.1916.153 m / 36.0.1985.67 beta-m以降では、chrome://extensionsからuser.jsをインストールする方法が使えなくなったため、Tampermonkey ( https://chrome.google.com/webstore/detail/tampermonkey/dhdgffkkebhmkfjojejmpbldmpobfkfo/ )を使って導入します。
Tampermonkeyを導入すると、user.jsにアクセスするとき、以前はChromeがインストール拒否する挙動でしたが、Tampermonkeyが自身のデータフォルダに格納する挙動に変更されます。なのでuser.jsを直接導入することが可能となります。
あとは当該user.jsのincludeにあるURLにアクセスすると、user.jsが実行されていることが確認できるはずです。