普段 vim を使っている方は IME との相性に悩まされることがあると思います
私は普段サーバーでは vim を使いますが，画面上に“：wq”なんて出てくると残念な気持ちになります
そんなあなたにおすすめしたい Emacs
ということで Emacs での IME の使い方をまとめておきます
Mac の場合
Mac は Emacs にパッチを当てた方がよいです
日本語環境のMacにEmacsをインストールする方法 - Qiita [キータ]
この記事を参考に適切な Emacs を入れてください
Mac での日本語入力は以下の記事が参考になります
Cocoa Emacsの設定とカスタマイズ--Snow LeopardでEmacs 23 - builder by ZDNet Japan
それでは早速私の Google 日本語入力を使った場合の設定例を載せてみます
(setq default-input-method "MacOSX")
(mac-set-input-method-parameter "com.google.inputmethod.Japanese.base" `title "あ")
;; カーソルの色
(mac-set-input-method-parameter "com.google.inputmethod.Japanese.base" `cursor-color "red")
(mac-set-input-method-parameter "com.google.inputmethod.Japanese.Roman" `cursor-color "blue")
;; backslash を優先
(mac-translate-from-yen-to-backslash)
IME の設定ではありませんが，Mac では \ を出力するのに Option キーを押しながら入力しないと円記号になってしまいます
プログラミングなどを行う場合，半角の円記号を打つことはありえないので \ を優先する設定も行なっています
また IME が有効の時は赤，無効の時は青にカーソルの色が変わるようになっているので IME の状態が大変分かりやすいようになっています
Ubuntu の場合
Ubuntu の場合はデフォルトで日本語入力に iBus を使っています
iBus を使う場合は irie @ ウィキ - ibus.el を使うとうまく使うことができます
基本は公式サイトを読むのがいいのですが，一応私の設定も載せます
(require 'ibus)
(add-hook 'after-init-hook 'ibus-mode-on)
;; C-SPC は Set Mark に使う
(ibus-define-common-key ?\C-\s nil)
;; IBusの状態によってカーソル色を変化させる
(setq ibus-cursor-color '("red" "blue" "limegreen"))
;; C-j で半角英数モードをトグルする
(ibus-define-common-key ?\C-j t)
;; カーソルの位置に予測候補を表示
(setq ibus-prediction-window-position t)
;; Undo の時に確定した位置まで戻る
(setq ibus-undo-by-committed-string t)
;; インクリメンタル検索中のカーソル形状を変更する
(setq ibus-isearch-cursor-type 'hollow)
特殊なところは，私は IME の切り替えのショートカットキーに C-j を利用しているのでその設定が追加されています
詳しくは公式サイトを参考にして欲しいのですが，~/.Xresources に以下のような設定が必要です
Emacs*useXIM: false
これで再起動をするか，xrdb ~/.Xresources を実行してください
設定を切り分ける
init-loader.el と package.el を導入して快適 Emacs ライフ - Qiita [キータ]
上の記事を参考に設定を切り分ければ，同じ設定ファイルで Mac/Ubuntu 両方で使用可能になります