Atomエディタのscriptプラグインは、Atom上でプログラムを実行してくれてとても便利。
プログラム実行のショートカットキーはcommand + iです。

でも、homebrewでインストールしたプログラムがプログラムが参照できないことがあったのです。

そういうときは

Atom -> Open Your Init Script(japanese-menuプラグインで日本語化している場合は「起動スクリプトを開く」)もしくはvi ~/.atom/init.coffeeなどで設定ファイルを開き、

init.coffee

# 下記の記述を追加してください
process.env.PATH = ['/usr/local/bin', process.env.PATH].join(':')

それからAtom再起動すると

command + iで目的のスクリプトが動きます。

japanese-menuプラグインとscriptプラグインの作者さんありがとう。超べんりです。

おわり。