以下の情報はセットアップが成功しなかったため廃版とします。 失敗自体が参考になる場合もあるため記事として残しています。
Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1を使用。
Python 2.6.6 (r266:84292, Aug 18 2016, 15:13:37)
Python 3.6.0 on virtualenv
WRF(Weather Research and Forecasting Model)とその前処理であるWPS。
http://qiita.com/7of9/items/8ff328ed1c144d659335
においてWRF3.7.1 / WPS3.7.1をセットアップした環境に、v3.9をインストールする。
WRF3.9 > 成功
手順はWRF3.7.1のビルド > 成功とほぼ同じであるが、configure.wrfファイルの変更が少しだけ違う。
$ diff configure.wrf.orginal configure.wrf
123c123
< DM_CC = mpicc -cc=$(SCC) -DMPI2_SUPPORT
---
> DM_CC = mpicc -DMPI2_SUPPORT
217c217
< -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf -lwrfio_nf -L/usr/lib
---
> -L$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf -lwrfio_nf -L/usr/lib -lnetcdf -lnetcdff
v3.7.1にはあった-lnetcdfがv3.9のもともとのconfigure.wrfではなくなっている。
今回は-lnetcdfも追加してexeファイルをcompileした。
WPS3.9 > 要検討
試したこと
WPS3.7.1 > 成功を参考にcompileを行った。
こちらは特にv3.7.1との違いはなかった。
metgrid.exeとungrib.exeがビルドされていなかった。
scan_input.modなどが生成されておらず、原因を追うとscan_input.f90のuse netcdfの部分でエラーが出ていた。
http://qiita.com/7of9/items/b61c88f5debde19227ac
を参考にconfigure.wpsの以下FFLAGSの部分を以下のようにした (NETCDFMODのインクルード追加)。
NETCDFMOD = /usr/lib64/gfortran/modules/
FFLAGS = -I${NETCDFMOD} -ffree-form -O -fconvert=big-endian -frecord-marker=4
./compile metgrid
にてmetgrid.exeがビルドされることを確認した。
ungrib.exeがビルドできない問題がある。
分かったこと
GFortran v4.4.7-17
- geogrid.exe: ビルド可能
- ungrib.exe: ビルド不可 (NAMELIST関連のエラー)
- metgrid.exe: ビルド可能
GFortran v4.9.2
- geogrid.exe: ビルド可能
- ungrid.exe: ビルド可能
- metgrid.exe: ビルド不可 (netcdf.modがv4.4.7-17で生成されていることによる)
異なるバージョンのGFortranで生成したexeを順次実行させた場合に「はまる」だろうか。
(出力ファイルのバイナリ互換性について未消化）。
.modファイルに関しては互換性の問題でビルド時に失敗するようだ。
(v4.4.7-17で生成した.modファイルをuseするf90ファイルを、v4.9.2でビルドしようとすると失敗する)。
.exeファイル実行については未消化。
案 > ソース改変 > 失敗
ungribに関してread_namelist.Fの改変をするとv4.4.7-17でもビルドはできるようになる。
$ diff read_namelist.F.old read_namelist.F
56c56,57
< real, dimension(:), allocatable :: new_plvl
---
> ! real, dimension(:), allocatable :: new_plvl
> real, dimension(100000) :: new_plvl
74c75
< allocate(new_plvl(size(new_plvl_in)))
---
> ! allocate(new_plvl(size(new_plvl_in)))
297c298
< deallocate(new_plvl)
---
> ! deallocate(new_plvl)
new_plvlのサイズをどれくらい取ればいいかは不明。
実際のデータで処理したらSegmentation fault (core dumped)になった。
サイズを増やしても回避できない。
採択案
関連: WRF / GFortran > v4.7.7とv4.9.2のバイナリ互換
v4.7.7とv4.9.2の出力ファイルの混在は問題がないと思っている。
以下とした。
- geogrid.exe : v4.4.7でビルド
- ungrib.exe : v4.9.2でビルド
- metgrid.exe : v4.4.7でビルド
v4.9.2で統一するにはnetcdf.modと他のどのmodファイルを作り直すことになるだろうか。