Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1を使用。
Python 2.6.6 (r266:84292, Aug 18 2016, 15:13:37)
Python 3.6.0 on virtualenv
WRF(Weather Research and Forecasting Model)とその前処理であるWPS。
WPSのungrib.exeをgfortranでコンパイルしようとして以下のようなエラーが出ている。
Makefile:90: warning: overriding commands for target `.F.o'
../../configure.wps:103: warning: ignoring old commands for target `.F.o'
Makefile:95: warning: overriding commands for target `.c.o'
../../configure.wps:95: warning: ignoring old commands for target `.c.o'
/usr/bin/cpp -P -traditional -D_UNDERSCORE -DBYTESWAP -DLINUX -DIO_NETCDF -DBIT32 -DNO_SIGNAL -D_MPI -D_UNGRIB -DUSE_JPEG2000 -DUSE_PNG read_namelist.F > read_namelist.f90
gfortran -c -ffree-form -O -fconvert=big-endian -frecord-marker=4 read_namelist.f90
read_namelist.f90:72.25:
add_lvls, new_plvl, interp_type
1
Error: NAMELIST attribute conflicts with ALLOCATABLE attribute in 'new_plvl' at (1)
read_namelist.f90:238.20:
案 > コンパイルオプションでの対応 > 失敗
以下が関連しそう。
https://groups.google.com/forum/#!topic/gg95/cO9AiFtaeH4
The f95 standard forbids having allocatable arrays as namelist group objects. The f2003 standard allows it. The problem is that g95 is a f95 compiler with some f2003 features but not including that one. Gfortran gives you the choice. With the -std=f95 option you get an error message equivalent to g95's, with -std=f2003 (or with no -std option at all) the program compiles.
-- John Harper
f95(g95)ではダメで、GFortran(f2003機能)を使わないといけないようだ。
WPS v3.7.1では問題がなかったが、v3.9のコードではこのあたりがきちんと検討されていないようだ。
gfortran v4.4.7-17(とv4.9)で-std=f2003オプションを付けてもダメだった。
案 > GFortranのバージョン変更
v4.4.7-17: 上記の問題が発生する
v4.9.2-6: 上記の問題は発生しない
v4.9.2-6についてはCentOS 6 で C++11 に対応した g++ を使うを参考にsclを使って切替できるようにした。
$sudo yum install devtoolset-3-gcc-gfortran
関連リンク
https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=43062
v4.6以降で修正されているようだ。